1.万历二十五年六月,皇宫失火,皇极、太极等宫殿被烧毁,位于皇极门两庑的史馆也遭回禄之灾,已成的文稿与档案全部损失。
2.明楼木架结构和瓦饰的更换,棱恩殿、棱恩门、两庑配殿、神功圣德碑亭、宰牲亭、神厨、神库的复原修建等。
3.在祭坛东西两庑房内置有6匹石刻骏马浮雕像,驰名中外,曾有诗云:“秦王铁骑取天下,六骏功高画亦优。
4.正殿主楼的东西两面有含芳阁和缀锦阁，三座建筑以游廊相连，并与前庭的两庑相接。